Curso Intensivo Bionformática 2019

Mediante una colaboración entre la UNAM, CONABIO y la U. de Chile, ofreceremos un curso intensivo de bioinformática, orientado a entregar las herramientas básicas para análisis de datos genómicos en el contexto de genética, especialmente la genética de poblaciones.

INSTRUCTORES:

DIRIGIDO A:

Estudiantes de postgrado en programas de genética, biología, biomedicina, ecología, biotecnología o similares. No se requiere conocimiento previo en bioinformática.

OBJETIVO:

Brindar las herramientas computacionales de software libre, mejores prácticas y metodologías de reproducibilidad de la ciencia para ejecutar, documentar y publicar proyectos bioinformáticos de análisis genómicos.

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Unidad 1: Introducción a la programación

Unidad 2 Organización de un proyecto bioinformático

Unidad 3 Introducción a R con un enfoque bioinformático

Unidad 4 Introducción al software especializado

Unidad 5 Genética de poblaciones con software especializado

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METODOLOGÍA:

  • Clases lectivas y prácticas. Trabajo personal.
  • Asistencia presencial (MX) o en línea.


ORGANIZA:

  • U-Genoma, Universidad de Chile
  • CONACYT-CONABIO, México
  • UNAM, México

HORARIO:

Unidades 1-4:
14-25 de enero
Lunes a viernes
Duración de cada clase: 2.5 hr
15:30-18:00 MX
18:30-21:00 CL
Unidad 5:
5, 7, 12 febrero
Martes y jueves
Duración de cada clase: 2 hrs
15:30-17:30 MX
18:30-21:00 CL

Nota: la Unidad 5 es opcional para estudiantes chilenos por ser en época de vacaciones.

CUPO:

  • 15 estudiantes en Mexico
  • 15 estudiantes en Chile

 


SEMINARIO INTERNACIONAL: “EVOLUTION AND CHARACTERIZATION OF CARBOPLATIN RESISTANCE AT SINGLE CELL RESOLUTION”.

Dr. Olivier Harismendy
Assistant Professor
Department of Biomedical Informatics
School of Medicine
University of California San Diego

Dr. Harismendy leads the Oncogenomics laboratory at Moores Cancer Center and his main interest is the development of genomics assays and computational analysis for personalized cancer care. In the past 15 years, Dr Harismendy’s research has contributed to the understanding of transcriptional regulation and the role of regulatory variation in human diseases. He has developed methods to characterize the molecular and cellular heterogeneity of tumors. He currently studies the contribution of epigenetic and genetic variations to cancer susceptibility, progression and development of drug resistance.

Invita
Dra. Katherine Marcelain
Departamento de Oncología Básico Clínca
Facultad de Medicina
Universidad de Chile

Lugar
Auditorio Danko Brncic
Programa de Genética Humana
ICBM, Block C
Facultad de Medicina
Universidad de Chile
Av. Independencia 1027

Admisión Gratuita
Horario
12:00O 13:00

Patrocina: Sochigen

 


Miembros de U-Genoma se adjudican proyecto PEW

La enfermedad de Parkinson no es un trastorno muy variable en cuanto a la gravedad de los síntomas de los pacientes y sus expectativas de vida. Los doctores Andrés Klein y Patricio Olguín, miembros de U-Genoma, se han adjudicado financiamiento de la organización PEW Research Center para investigar las diferencias genéticas que causan el amplio espectro de síntomas observados en la enfermedad de Parkinson. El proyecto, titulado “Uncovering the genetic basis of phenotypic heterogeneity in Parkinson disease”, tiene por objetivo descubrir las redes de genes asociadas a la enfermedad de Parkinson en un modelo de mosca de esta enfermedad para ayudar a explicar el rango de síntomas entre los pacientes. Su trabajo podría identificar nuevos blancos terapéuticos y ayudar en el desarrollo de terapias personalizadas para esta grave enfermedad.

Este proyecto es una de las iniciativas que se presentó y discutió en nuestros encuentro anual en enero de 2018 y representa un ejemplo del tremendo potencial de generar redes para potenciar la investigación colaborativa. Felicitamos al los doctores Olguín y Klein por este logro y reconocimiento internacional.

 

 

Dr. Patricio Olguín

Profesor Asisitente

Programa de Genética Humana, ICBM

Facultad de Medicina

Universidad de Chile

Dr. Andrés Klein

Centro de Genética y Genómica

Facultad de Medicina

Universidad del Desarrollo

 

Artículos asociados

  1. PEW: Pew Alumni Forge Partnerships to Spark Novel Scientific Endeavors 
  2. Facultad de Medicina U. de Chile
  3. Facultad de Medicina UDD
  4. Radio infinita

Simposio Internacional en Genómica Médica

Simposio de Genómica Médica: Implementación de diagnósticos genéticos por secuenciación en un ambiente hospitalario

Lugar: 

Auditorio Lucas Sierra*
Facultad de Medicina
Universidad de Chile
Av. Independencia 1027

Fecha: 15 – JUNIO 2018, 11:00-13:00 hrs.

*Nota: el auditorio fue cambiado para dar cabida al número de asistentes inscritos.

TÓPICOS

Genomics Unit at Hospital Israelita Albert Einstein: clinical focus and Next Generation Sequencing

MD Renata Moldenhauer Minillo (Clinical Geneticist – Hospital Israelita Albert Einstein)

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A Brazilian portrait of exome sequencing: 315 cases and their details

MD Renata Moldenhauer Minillo (Clinical Geneticist – Hospital Israelita Albert Einstein)

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High precision medicine on Varstation: raw genetic files turned into clinical data

Belisa de Quadros Correa Godoy (Product Designer – Hospital Israelita Albert Einstein/Varstation)

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Varstation in numbers: bioinformatics platform in a clinical context

Heitor de Moraes Santos (Data Scientist and Software Developer – Hospital Israelita Albert Einstein/Varstation)

Belisa de Quadros Correa Godoy (Product Designer – Hospital Israelita Albert Einstein/Varstation)

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Enhancing Varstation experience with Machine Learning: academic articles search and sentence selection

Heitor de Moraes Santos (Data Scientist and Software Developer – Hospital Israelita Albert Einstein/Varstation)

INVITADOS INTERNACIONALES

Dra. Renata Moldenhauer Minillo (Clinical geneticist – Hospital Israelita Albert Einstein)

Graduated in Medical Science from University of Santo Amaro in 2007. Medical residency in Medical Genetics at UNIFESP (2008-2011). Master’s degree from the Department of Structural and Functional Biology of UNIFESP (2011-2013). Title of Specialist in​ Medical Genetics by the Brazilian Society of Medical Genetics (2012). Clinical geneticist at Hospital Israelita Albert Einstein’s laboratory, emphasis on clinical diagnosis and molecular diagnosis of genetic diseases.

  Belisa de Quadros Correa Godoy (Product Designer – Hospital Israelita Albert Einstein/Varstation)

Leading designer working with digital products at Hospital Israelita Albert Einstein’s Innovation Lab, helps building the Design process through research, prototyping, product development and feedback rounds. Currently is focused on Varstation, responsible for promoting and improving experience and interface consistency of this complex system.

  Heitor Moraes Santos (Data Scientist and Software Developer – Hospital Israelita Albert Einstein/Varstation)

Graduated in Electronics Engineering and responsible for creating solutions to clinical problems using Machine Learning, Data Science and Web Development. Currently focused on Varstation’s Artificial Intelligence features and Bioinformatics algorithms.

  Murilo Castro Cervato (Specialist in bioinformatics – Hospital Israelita Albert Einstein)

Graduated in Biomedical Informatics at University of São Paulo, master in computational modeling with emphasis in bioinformatics, executive MBA in Health Management. Assessment in several areas of knowledge as hospital management systems architecture, database and currently is a bioinformatics specialist in Hospital Israelita Albert Einstein. Responsible for processing, bioinformatics analysis and data storage for molecular genetics tests at the clinical laboratory.

 

INSCRIPCIONES


Oportunidad de trabajo en Bioinformática y Genómica

Los laboratorios GenoMed y de Genómica del Cáncer de la Facultad de Medicina de la U. de Chile busca Ingeniero en Bioinformática o equivalente. Trabajará en ambiente estimulante, técnicas de vanguardia en genómica y bioinformática. Buena oportunidad de desarrollo profesional.

Requisitos

  • Título profesional en Bioinformática, Bioingeniería, Ingeniería Informática, Estadística o similar (título chileno o validado en Chile)
  • Familiaridad con sistema operativo UNIX/LINUX
  • Manejo de al menos uno de los siguientes lenguajes de programación: C, C++, Perl, R, Bash
  • Experiencia con datos genómicos.
  • Inglés científico a nivel de lectura
  • Disponibilidad Junio 2018

Sus responsabilidades incluirán:

  • Análisis de datos genómicos (secuencias de última generación)
  • Generación de presentaciones e informes
  • Participar en publicaciones

Jornada completa.  El salario bruto entre  $800.000 y $1.300.000, de acuerdo a experiencia.

Interesados enviar CV y pretensión de renta al Dr. Ricardo Verdugo (raverdugo@u.uchile.cl)

Plazo de postulación:  15 de julio de 2018


Postdoc en laboratorio de Genómica del Cáncer UCH

SE OFRECE POSICIÓN POST-DOCTORAL

Proyecto Anillo Act 172101 “Plasma Physics And Pulsed Power For Energy And Life. Effects And Applications In Living Matter And Materials”.

El investigador postodoctoral coordinará a los grupos del laboratorio de Potencia Pulsada y Física de Plasma (CCHEN) y el laboratorio de Génomica del Cáncer (Universidad de Chile), para la realización de los  ensayos in vitro. Realizará experimentos  para evaluar la radiosensibilidad de líneas tumorales y normales y caracterizar la muerte celular inducida, incluyendo secuenciamiento de RNAs (RNA-Seq), análisis de datos y experimentos funcionales. Además, participará en la formación de tesistas de pre y postgrado, presentación de resultados en congresos y elaboración de manuscritos.

Beneficios:

El salario bruto es de $1.500.000 (Un millón quinientos mil pesos chilenos) mensual. El cargo está disponible para inserción inmediata a partir de Junio.

Sede de la posición postdoctoral:

Laboratorio de Genómica del Cáncer. Av. Independencia 1027. Block D, 3er piso. Independencia. Santiago.

Plazo:

El plazo de postulaciones cierra el 06 de Junio de 2018.

Requisitos y condiciones en las BASES del concurso.

Se recibirán consultas hasta el día 03 de Junio de 2018, a través del email kmarcelain@med.uchile.cl.


Encuentro Anual U-Genoma finaliza su primera versión con gran convocatoria

Fue una jornada de investigadores y  estudiantes de pre y postgrado que participaron de la primera versión de este encuentro que mostró el panorama actual de la investigación y docencia en genética, genómica y bioinformática.

Con más de 60 participantes se realizaron charlas, mesas redondas y presentación de poster  en el Centro Patrimonial Recoleta el pasado 18 de Enero.  Se discutieron temas como  (1) GENÉTICA  POBLACIONAL, ADAPTACION  Y EVOLUCION, (2) GENÉTICA/GENÓMICA DE ENFERMEDADES, y (3) RASGOS COMPLEJOS Y MEJORAMIENTO GENÉTICO Y PRODUCTIVO.

La jornada permitió generar conexión entre investigadores y dar inicio a nuevas propuestas que permitan dar continuidad a la red U-Genoma.