Nuevo Equipo Analizador de Ácidos Nucleicos LabChip® CX Touch™ Disponible en Laboratorio ChileGenómico Para la Comunidad Científica

El pasado Martes 6 de agosto del presente año se concretó la instalación del equipo PerkinElmer LabChip® CX Touch™

Este equipo permite la cuantificación y determinación de tamaños de ADN y ARN en segundos, gracias a la separación automática por electroforesis capilar otorgada por la tecnología de microfluído del analizador, generando datos reproducirles de alta resolución y óptimos para:
  • Análisis de fragmentos de ARN y ADN (incluyendo cfDNA, FFPE, biopsia líquida y otras)
  • Preparación de librerías NGS y control de calidad
  • Análisis Cuantitativo y Cualitativo de fragmentos CRISPR
  • Otros flujos de trabajo en geles de agarosa

Este equipo esta disponible para servicios de análisis de ADN genómico y prontamente para fragmentos de ADN. Para mayor información de disponibilidad y valores del servicio, contactarse con chilegenomico-lab@med.uchile.cl

La instalación del Analizador de ácidos nucleicos LabChip® CX Touch™ contó con la capacitación del personal del Laboratorio ChileGenómico por profesionales de PerkinElmer Chile y la empresa Biotecom.

Dominique Panatt, Representante de Diagnostics PerkinElmer Chile; BQ. Eduardo Tobar, Encargado de Laboratorio ChileGenómico; BQ. Carolina Becerra; Encargada de Servicio Laboratorio ChileGenómico; Natalia Loyola, Especialista en Ventas/Aplicaciones Biotecom.

 

Director de Laboratorio ChileGenómico Ricardo Verdugo; BQ. Eduardo Tobar, Encargado de Laboratorio ChileGenómico; BQ. Carolina Becerra; Encargada de Servicio Laboratorio ChileGenómico; Natalia Loyola, Especialista en Ventas/Aplicaciones Biotecom.

 

 

 


Finaliza Exitosamente Encuentro Anual U-Genoma 2019

Encuentro Anual U-Genoma 2019

El 23 de junio de 2019, en el Centro Patrimonial Recoleta, se llevó a cabo el Encuentro Anual de miembros y estudiantes de U-Genoma. Este es el evento más importante realizado cada año por la red, donde sus miembros se informan sobre los principales logros e impactos de U-genoma en investigación y docencia, ademas de fortalecer los vínculos entre investigadores y estudiantes.

Con más de 60 participantes se realizaron diversas charlas, tanto por miembros como invitados.  Se discutieron temas como  (1) Objetivos comprometidos 2016 – 2018, (2) crecimiento de la Red y Continuidad, (3) Proyecto Colaborativo PEW en Parkinson, (4) Iniciativa de Datos Genómicos Humanos Compartidos, (5) Proyecto 1000 Genomas Chilenos y (6) Programa de Doctorado. Adicionalmente, la invitada internacional Dra. Alicia Mastretta-Yanes, de CONABIO, México, presentó los proyectos que lidera CONABIO para caracterizar la diversidad genética de especies de interés agrícola y de conservación y para coordinar la integración de datos genómicos generados por la comunidad científica mexicana para su reutilización en nuevas investigaciones que beneficien al país.

 

Invitada Internacional: Alicia Mastretta-Yanes, CONABIO,MX.

Reconocimiento a Dr. Miguel Allende, UCH; por su participación.

Reconocimiento a Dra. Gabriella Repetto, UDD; por su participación.

Trabajos libres

En esta versión, incorporamos una sesión de Flash Talks, donde todos los autores de trabajo libres pudieron invitar a la audiencia en pleno a visitar sus paneles. Los mejores trabajos presentaros en formato de póster o presentacion oral fueron elegidos por un panel de evaluadores voluntarios.

Trabajos mejores evaluados en modalidad Presentación Oral:

  • 1° Lugar: Genetic–by-early life-nutrition interactions in sleep behavior and brain morphology in Drosophila – Gonzalo Olivares, Program of Human Genetics, ICBM, Department of Neuroscience, Biomedical Neuroscience Institute (BNI), Faculty of Medicine, Universidad de Chile
  • 2° Lugar: Identificación de variantes genéticas asociadas a loci de resistencia a Piscirickettsia salmonis y validación funcional en células de salmónidos – Ángel Parra, Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos Universidad de Chile.

Trabajos mejores evaluados en modalidad Panel:

  • Detección de Regiones Genómicas Involucradas en la Determinación del Crecimiento Corporal en Tilapia del Nilo (Oreochromis niloticus L), Usando la Secuenciación del Genoma Completo  – Giovanna Cáceres, Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias, Universidad de Chile, Santiago, Chile.
  • DAxud1 as transcriptional regulator for stress response in Drosophila melanogaster  – Jorge Zuñiga, Facultad de Ciencias, Universidad de Chile.

Reconocimiento a Participantes con Trabajos Destacados.  Jorge Zuñiga, Ángel Parra, Gonzalo Olivares, Giovanna Cáceres, Francisco Correa, Rodrigo Marin, Dr. Ricardo Verdugo.

 

Galería de fotos


Workshop U-Genoma

Workshop Internacional U-Genoma 2019

PopGeno Reproducible

Tenemos el agrado de invitarlos a participar en el próximo Workshop U-Genoma donde introduciremos de forma intensiva el análisis en análisis de genética de poblaciones usando datos de cobertura genómica utilizando investigación computacional reproducible.

Esta actividad se llevará a cabo el día 22 de Julio, entre las 9:00 – 18:00 hrs,  el lugar será la sala de computación N°1, Escuela de Kinesiología, Facultad de medicina; ubicado en Av. Independencia 1027, Independencia, Región Metropolitana.

La admisión es gratuita, pero es necesario confirmar su asistencia llenando la encuesta en el siguiente link:

Esperamos poder contar con su participación en esta actividad Académica.

INSTRUCTORES:

  • Alicia Mastretta Yanes, PhD.,  CONACYT-CONABIO, Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas (UNAM), Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad de México (CONABIO), www.mastrettayanes-lab.org
  • Ricardo Verdugo Salgado, PhD., Facultad de Medicina , Programa de Genética Humana ( PGH),Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM), U. de Chile, http://genomed.med.uchile.cl 

OBJETIVO:

  • Capacitar al estudiante en la utilización de herramientas de software libre para el diseño y ejecución de flujos de trabajo con datos de abordaje genómico para investigar la estructura genética de poblaciones. El estudiante estará capacitado para entender comandos básico de Bash, plink y R para realizar control de calidad de datos y análisis estadísticos utilizados actualmente en genómica de poblaciones.
  • Formar al estudiante en documentación y reproducibilidad de código para análisis de datos de abordaje genómico.

PROGRAMA

Unidad 1
9:00 – 10:50 Parte 1 – Lenguajes de programación
  • Linux y BASH
  • Intro a R
10:50 – 11:00 Receso
11:10 – 13:00 Parte 2 – Documentación y reproducibilidad
  • Markdown
  • Jupyter Notebook
  • Docker
Unidad 2
14:00 – 15:50 Parte 1 – Control de calidad
  • Formato de archivos PLINK
  • Control de calidad de datos
  • Filtrado de genotipos
  • Filtrado de individuos por calidad de datos y parentesco críptico
15:50 – 16:10 Receso
16:10 – 18:00 Parte 2 – Estructura poblacional
  • Analisis exploratorio por reducción de dimensionalidad (PCA/MDS)
  • Inferencia de estructura basada en modelos (ADMIXTURE)

Laboratorio AUSTRAL-omics, Vicerrectoría de Investigación, Desarrollo y Creación Artística, Universidad Austral de Chile.

  • Secuenciación y Genotipificación dirigida, usado un secuenciador ABI3500.

  • Análisis de Fragmentos en equipo Fragment Analyzer, incluyendo análisis de integridad de RNA, análisis de smallRNA, análisis de amplificación con microsatélites, entre otros.
  • Elaboración de bibliotecas de NGS, secuenciación y bioinformática.
  • Extracción de DNA y RNA, cuantificación y análisis de integridad y pureza.

Ver datos de contacto
AUSTRAL-omics, Instituto de Bioquímica y Microbiología, Facultad de Ciencias, U. Austral de Chile
Independencia 631, Valdivia, Región de los Ríos

 


Encuentro Anual U-Genoma

Distinguidos Miembros de U-Genoma

Tenemos el agrado de invitarlos a participar en el próximo Encuentro Anual de U-Genoma.

Esta actividad se llevará a cabo el día 23 de Julio, entre las 8:30 – 19:00 hrs,  en el Centro Patrimonial Recoleta Dominica, ubicado en Av. Recoleta 683, Santiago.

La admisión es gratuita, pero es necesario confirmar su asistencia llenando la encuesta en el siguiente link:

Plazo para recibir repuestas: 18 de Julio de 2019.

Esperamos poder contar con su participación en esta actividad Académica.

 

PROGRAMACIÓN

8:30 – 9:00 Inscripciones.
9:00 – 9:30 Bienvenida- Director U-Genoma

  • Presentación Resultados del proyecto
  • Objetivos comprometidos  2016-2018
  • Principales impactos del proyecto
  • Crecimiento de la Red
  • Proyectos nacidos desde U-Genoma

9:30 – 10:00 Proyecto colaborativo PEW en Parkinson

10:00 – 10:30 Flash talks de paneles

10:30 – 11:30 Café y paneles

11:30 – 12:00 Expositora internacional, Dr. Alicia Mastretta-Yañes, CONABIO, MX

12:00 – 12:30 Iniciativa 1000G Chilenos, Dr. Miguel Allende, UCH

12:30 – 13:00 Iniciativa de Datos Genómicos Humanos Compartidos, Dr. Gabriela Repetto, UDD

13:00 – 14:00 Almuerzo

14:00 – 14:40 Reunión de socios (abierta). Discusión sobre plan de continuidad para U-Genoma

14:40 – 15:10 Propuesta Programa de Doctorado, Comité Académico

15:10 – 14:30 Café y paneles

16:30 – 17:00 Presentación de la Plataforma de Servicios Genómicos y de Biobanking

17:00 – 18:00 Presentaciones orales libres (4 seleccionados)

18:00 – 19:00 Cóctel

 


Clase inaugural

Finaliza Exitosamente Curso de Bioinformática entre UNAM y UCH

Con el objetivo de mejorar la formación en bioinformática de nuestros estudiantes de postgrado, académicos de U-Genoma colaboraron con la Universidad Autónoma de México (UNAM) y la Comisión Nacional para el Conocimiento y uso de la Biodiversidad (CONABIO) en la generación de un curso que cubre desde los conceptos más básicos de computación y programación hasta el análisis de datos de secuenciación masiva utilizando las últimas técnicas de cómputo en la la nube.

El curso tiene por objetivo brindar herramientas computacionales de software libre, mejores prácticas y metodologías de reproducibilidad de la ciencia para efectuar, documentar y publicar proyectos bioinformáticos de análisis genómicos.

Profesores participantes

Facultad de Medicina (FMed, UCH)
Programa de Genética Humana (PGH)
Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM)

  • Ricardo Verdugo, PhD – PGH, ICBM

Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas (FCFM) , U. de Chile
Departamento de Ingeniería Química, Biotecnología y Materiales (DIQBM)
Centro de Biotecnología y Biotecnología (CeBiB)

  • J. Cristian Salgado, PhD – DIQBM, CeBIB

Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas (UNAM)
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad de México (CONABIO)

  • Alicia Mastretta Yanes, PhD – CONACYT-CONABIO

Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, CINVESTAV (UDD)

  •   Alan Michael Torres Calderón, Servicios Genómicos, LANGEBIO, Irapuato.

Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas (FCQF, UCH)
Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, DBBM

  • Vinicius Maracaja-Coutinho, PhD, DBBM

Facultad de Ciencias de la Vida (FCV, UNAB)
Centro de Bioinformática y Biología Integrativa, CBBI

  • Matthieu Joseph Miossec, PhD, CBBI

Unidades temáticas

  • Unidad 1: Introducción a la programación
  • Unidad 2: Organización de un proyecto bioinformático
  • Unidad 3: Introducción a R con un enfoque bioinformático
  • Unidad 4: Introducción al software especializado
  • Unidad 5: Genética de poblaciones con software especializado
  • Unidad 6: Introducción a la genómica y secuenciación de siguiente generación
  • Unidad 7: Análisis de transcriptomas
  • Unidad 8: Predicción estructural y funcional de Proteínas y ARNs
  • Unidad 9: Ensamblaje de genomas
  • Unidad 10: Análisis genómicos reproducibles en la nube

Metodología

Todo el curso fue transmitido en vivo por la plataforma Youtube. Todas las clases fueron dictadas en castellano. Cada unidad cuenta con tutoriales en línea y tareas para que los estudiantes pongan en práctica los conocimientos revisados en clases con datos reales.

Para acceder al material del curso pinchar aquí.

Registro fotográfico

Clase inaugural

Sesión de clausura, Facultad de Medicina, UCH, Chile