Workshop Internacional U-Genoma 2019

PopGeno Reproducible

Tenemos el agrado de invitarlos a participar en el próximo Workshop U-Genoma donde introduciremos de forma intensiva el análisis en análisis de genética de poblaciones usando datos de cobertura genómica utilizando investigación computacional reproducible.

Esta actividad se llevará a cabo el día 22 de Julio, entre las 9:00 – 18:00 hrs,  el lugar será la sala de computación N°1, Escuela de Kinesiología, Facultad de medicina; ubicado en Av. Independencia 1027, Independencia, Región Metropolitana.

La admisión es gratuita, pero es necesario confirmar su asistencia llenando la encuesta en el siguiente link:

Esperamos poder contar con su participación en esta actividad Académica.

INSTRUCTORES:

• Alicia Mastretta Yanes, PhD.,  CONACYT-CONABIO, Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas (UNAM), Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad de México (CONABIO), www.mastrettayanes-lab.org
• Ricardo Verdugo Salgado, PhD., Facultad de Medicina , Programa de Genética Humana ( PGH),Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM), U. de Chile, http://genomed.med.uchile.cl 

OBJETIVO:

• Capacitar al estudiante en la utilización de herramientas de software libre para el diseño y ejecución de flujos de trabajo con datos de abordaje genómico para investigar la estructura genética de poblaciones. El estudiante estará capacitado para entender comandos básico de Bash, plink y R para realizar control de calidad de datos y análisis estadísticos utilizados actualmente en genómica de poblaciones.
• Formar al estudiante en documentación y reproducibilidad de código para análisis de datos de abordaje genómico.

PROGRAMA

Unidad 1

9:00 – 10:50 Parte 1 – Lenguajes de programación

• Linux y BASH
• Intro a R

10:50 – 11:00 Receso

11:10 – 13:00 Parte 2 – Documentación y reproducibilidad

• Markdown
• Jupyter Notebook
• Docker

Unidad 2

14:00 – 15:50 Parte 1 – Control de calidad

• Formato de archivos PLINK
• Control de calidad de datos
• Filtrado de genotipos
• Filtrado de individuos por calidad de datos y parentesco críptico

15:50 – 16:10 Receso

16:10 – 18:00 Parte 2 – Estructura poblacional

• Analisis exploratorio por reducción de dimensionalidad (PCA/MDS)
• Inferencia de estructura basada en modelos (ADMIXTURE)